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公司扣了社保却只能查到医保，这是因为，公司扣除社保并且交费后，医保费会及时发放到个人的社保卡里，我们只要查询或是使用一下医保卡，就可以看到及时到帐的医保余额了。
而社保中的养老保险，工伤保险，生育和意外保险等等部分的交费，是进入个人的专门社保帐户，由社保部门的专门机构和工作人员进行管理的，也就是实行记帐式的管理办法，个人不便于查询。当然，如果需要，可以按照相应的程序到社保部门专门窗口进行。
一、医保卡只能查到支出的原因:
1.医保经办机构还没有正式划账,耐心等待一段时期即可;
2.参加的是城乡居民基本医保,而非职工医保,因此查询不到医保卡余额;
3、查询方法错误:医保分个人账户和统筹账户,只有个人账户中有钱可以查询到,例如可以在当地社保官网输入账号密码之后查询医保个人账户中的钱,也能够在发卡行的三方平台上查询医保卡个人账户中的钱,或者在定点医疗机构买药、报销费用的时候让人员帮忙查询一下等。
二、社保和医保的区别是：社保是用人单位应当依法为劳动者缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，及住房公积金。医保单只指医保，是指社会医疗保险，是国家和社会根据法律法规，在劳动者患病时基本医疗需求的社会保险制度。
三、社会保险费缴纳规定
1、用人单位应当持社会保险经办机构出具的缴费通知单在规定的期限内采取下列方式之一缴纳社会保险
到其开户银行或者其他金融机构缴纳;
与社会保险经办机构约定的其他方式。
社会保险经办机构、用人单位可以与银行或者其他金融机构签订协议，委托银行或者其他金融机构根据社会保险经办机构开出的托收凭证划缴用人单位和为其职工代扣的社会保险费。
2、职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴。用人单位依法履行代扣代缴义务时，任何单位或者个人不得干预或者拒绝。
用人单位未按时足额代缴的，社会保险经办机构应当责令其限期缴纳，并自欠缴之日起按日加收05‰的滞纳金。用人单位不得要求职工承担滞纳金。
3、征收的社会保险费，应当存入社会保险经办机构按照规定开设的社会保险基金收入户。社会保险经办机构应当按照有关规定定期将收到的基金存入依法开设的社会保险基金财政专户。
4、社会保险经办机构对已征收的社会保险费，根据用人单位实际缴纳额(包括代扣代缴额)和代扣代缴明细，按照国家有关规定进行记账。
5、用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知职工本人。
用人单位应当每年向本单位职工代表大会通报或者在本单位住所的显着位置公布本单位全年社会保险费缴纳情况，接受职工监督。
6、社会保险经办机构应当及时、完整、准确地记录用人单位及其职工的缴费情况，并将缴费情况定期告知用人单位和职工。用人单位和职工有权按照《社会保险个人权益记录管理办法》等规定查询缴费情况。
社会保险经办机构应当至少每年一次向社会公布社会保险费征收情况，接受社会监督。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
医保有个人缴纳查不到余额怎么回事
法律分析：(一) 企业没给缴纳医疗保险。虽然办理社保，但是只缴纳有了养老保险，没有缴纳医疗保险。只缴纳了养老保险,也是要办理社保卡的，如果没有缴纳医疗保险，社保卡里自然没有钱。
(二) 查询地点错误。医保账户里个人的钱，激活后只能到药店买药或是到医院门]诊看病，到银行是无法查到的，只能到医院或者药店查询。
(三) 灵活就业人员按照当地社保部门公布的低档缴费的，一般不会返钱。每年缴费时社保部门]会公布医保缴纳的标准，其中-档为低档，按照低档缴纳的，只有统筹基金,没有个人账户，所以不会返钱，但不影响生病住院时的报销比例，只有按照二档(高档)缴费才会有个人账户，每月往医保卡上返钱。
(四) 办理的城乡居民医疗保险。城乡居民医疗保险,每年缴费200元左右，于缴费比较低，返钱也没有几个钱，没有实际的价值，所以也不会返钱。
(五) 社保卡末激活。像社保卡未激活，也是无法正常查询余额的。激活的方式很简单，可以去对应银行网点、也可直接到社保中心进行激活。总之医保卡里如果没有钱，是由多种因素造成的，首先要确认是否办理职工医疗保险，是在岗职工由单位缴纳，还是作为灵活就业人员自己缴纳，自己缴纳的缴费标准是否符合达到建立个人账户需要的8%的缴费标准等，对于符合标准而没有钱的，应当及时到社保部去咨询。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
医保有个人缴纳查不到余额可能是由于以下原因：
1、查询方式错误：如果查询方式不正确，可能会导致无法查询到个人账户余额。
2、信息未更新：如果医保个人账户信息未及时更新，也可能会导致查询不到余额。
3、未缴纳成功：如果医保没有缴纳成功，也可能会导致个人账户余额为零。
4、其他原因：如果上述原因均不成立，可能是因为系统故障、数据错误等原因导致无法查询到个人账户余额。
缴纳医保的好处如下：
1、有利于提高劳动生产率，促进生产的发展。医疗保险是社会进步、生产发展的必然结果。反过来，医疗保险制度的建立和完善又会进一步促进社会的进步和生产的发展。一方面医疗保险解除了劳动者的后顾之忧，使其安心工作，从而可以提高劳动生产率，促进生产的发展：另一方面也保证了劳动者的身心健康，保证了劳动力正常再生产；
2、调节收入差别，体现社会公平性。医疗保险通过征收医疗保险费和偿付医疗保险服务费用来调节收入差别，是政府一种重要的收入再分配的手段；
3、维护社会安定的重要保障。医疗保险对患病的劳动者给予经济上的帮助，有助于消除因疾病带来的社会不安定因素，是调整社会关系和社会矛盾的重要社会机制；
4、促进社会文明和进步的重要手段。医疗保险和社会互助共济的社会制度，通过在参保人之间分摊疾病费用风险，体现出了“一方有难，八方支援”的新型社会关系，有利于促进社会文明和进步；
5、推进经济体制改革特别是国有企业改革的重要保证。
综上所述，医保有个人缴纳查不到余额可能是由于查询方式错误、信息未更新、未缴纳成功或其他原因导致。可以尝试使用正确的查询方式重新查询或联系医保机构咨询具体情况。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
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